Przewidywanie przeżycia w rozlanym chłoniaku z dużych komórek B w oparciu o ekspresję sześciu genów ad

Wykazano, że dwa geny swoiście eksprymowane w komórce B zarodkowej-centrum, BCL6 i HGAL, przewidują całkowity czas przeżycia, niezależnie od IPI, w niespokrewnionych grupach pacjentów badanych przy użyciu innych metod. 7-9 Jednak inne centralny marker komórek B, CD10, nie przewidział przeżycia w rozlanym chłoniaku z dużych limfocytów B, co sugeruje, że wynik jest związany z ekspresją tylko niektórych genów w sygnaturze rodkowej komórki B8. Nadzorowana analiza danych dotyczących ekspresji genów w odniesieniu do przeżycia całkowitego umożliwiła również skonstruowanie modeli do przewidywania wyniku w przypadku rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B. Shipp i wsp. Wyprowadzili 13-genowy model predykcyjny, niezależny od IPI, z kohorty 58 pacjentów, których chłoniaki analizowano za pomocą mikromacierzy oligonukleotydowych. Tylko 3 z tych 13 genów było obecnych w danych analizowanych przez Alizadeh i współpracowników, 4 i 3, tylko 2 były związane z przeżyciem. Rosenwald i wsp. 6 wykorzystali nadzorowaną analizę danych z tablicy genów od 160 pacjentów z rozlanym chłoniakiem z dużych komórek B, aby uzyskać model predykcyjny oparty na ekspresji 17 genów i zastosować ten model do zestawu takich chłoniaków od 80 innych pacjentów. .
Nie ma nakładania się genów w modelach pochodzących od Shipp et al. i Rosenwald i wsp. [5]. Różnice techniczne, skład mikromacierzy i różne algorytmy wykorzystywane do konstruowania modeli predykcyjnych mogą leżeć u podstaw tej rozbieżności. Ponadto każdy model predykcyjny musi zostać zatwierdzony w niezależnej grupie pacjentów, aby potwierdzić, że działa on ogólnie, a nie tylko dla grupy pacjentów, od których został wyprowadzony.10,11 Dlatego też nie jest jasne, która metoda i który model najlepiej przechwytują heterogenność molekularna, histopatologiczna i kliniczna rozlanego chłoniaka z dużych limfocytów B. Ponadto, ponieważ mikromacierze nie są jeszcze łatwo dostępne w laboratoriach klinicznych, potrzebne są bardziej praktyczne testy ekspresji genów.
Zastosowano ilościową reakcję łańcuchową polimerazy z odwrotną transkryptazą (RT-PCR) w celu pomiaru ekspresji 36 genów w rozlanych chłoniakach dużych komórek B z 66 pacjentów. Następnie zbudowaliśmy model predykcyjny oparty na genach, które były skorelowane z całkowitym przeżyciem, pozytywnym lub negatywnym, i zweryfikowano model, stosując go do danych mikromacierzy z Shipp i wsp.5 oraz Rosenwald i wsp.6, w celu ustalenia, czy miał on wartość predykcyjną, która była niezależna od metody pomiaru ekspresji genów (tj. ilościowe RT-PCR, mikromacierze cDNA lub mikromacierze oligonukleotydowe). Naszym celem było opracowanie modelu, który byłby technicznie prosty i przydatny do rutynowego zastosowania klinicznego.
Metody
Próbki nowotworowe
Podczas procedur diagnostycznych w Centrum Medycznym Uniwersytetu Stanforda w latach 1975-1995 uzyskaliśmy próbki nowotworów od pacjentów z nowo zdiagnozowanym rozlanym chłoniakiem z dużych komórek B. Próbki przechowywano w stanie zamrożonym, jak wcześniej zgłoszono. 87,8 Rozpoznanie rozlanego chłoniaka z dużych komórek B zgodnie ze zmienioną klasyfikacją chłoniaka europejskiego i amerykańskiego12 potwierdzono w przypadku ponownej oceny wszystkich próbek przed ich włączeniem do tego badania. Wszystkie guzy miały charakter histologiczny centroblastycznych chłoniaków o dużych limfocytach B z dyfuzją i brakiem pęcherzyków resztkowych.
[przypisy: Corsodyl, anastrozol, wdrożenia magento ]
[więcej w: hipermagnezemia, szkoła podstawowa w nawojowej, komórki dendrytyczne ]